Dans ces circonstances exceptionnelles, les professionnels de la Protection de l'Enfance, déjà en manque chronique de moyens face aux besoins multiples de ces enfants, doivent développer des trésors d'inventivité pour répondre à tous les challenges habituels, mais multipliés par dix par la situation de pandémie.
 
Les enfants protégés, ayant été abusés ou négligés, représentent une population très fragile sur le plan de la santé physique, psychique et du développement. Ils nécessitent à la fois un environnement stable et sécurisant, contenant, en limitant les changements de lieux et de personnes et aussi des actions multiples de soutien, affective, éducative, scolaire et de soins. Si les cas graves d'enfants atteints par le Covid-19 semblent rares, la pandémie actuelle risque très certainement d'accentuer leur vulnérabilité psychique pour des raisons diverses qui vont se cumuler, liées à la fois à l'épidémie elle-même qui touche directement ou indirectement les professionnels et leurs parents mais aussi à la désorganisation des prises en charge qui va en résulter. La désorganisation et l'insécurité des adultes génèrent l'angoisse chez les enfants. C'est pourquoi les actions de sécurisation des professionnels et des structures sont essentielles et doivent être menées en sus des mesures sanitaires.
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A l'étape du signalement, de l'évaluation des informations préoccupantes au suivi éducatif à domicile (150 000 enfants concernés en France), les actions seront réduites du fait du confinement et on peut craindre le pire car le huis-clos habituel de ces familles va se concentrer. Les actions à domicile représentent pour les enfants à la fois une protection, un soutien et une ouverture sur le monde. L'absence de prise en charge scolaire et l'interruption des soins spécialisés renforcent encore cette situation. A ce sujet, un chiffre glaçant : dans la cohorte de la Recherche Saint-Ex (2013), le chiffre de la mortalité infantile (mortalité avant un an) dans l'ensemble de la fratrie des enfants placés de cette cohorte était de 25/1000 soit plus de 6 fois celui de la population générale (moins de 4/1000). Une thèse publiée en 1983 dans la même pouponnière estimait ce chiffre à 48/1000. Il y a aussi tout à craindre d'une accentuation des violences conjugales dans un environnement confiné et isolé sur plusieurs semaines.
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Pour les enfants séparés et confiés (150 000 en France), les fermetures des écoles, le confinement et là-aussi l'interruption des prises en charge extérieures va accentuer le manque chronique de réponses à leurs besoins multiples. Malgré le dévouement de l'encadrement et des professionnels pour pallier à ces carences circonstancielles, les changements de référents à l'intérieur des équipes du fait de l'absentéisme sanitaire dans les structures vont confronter les enfants à encore moins de personnels, ou à de nouvelles personnes inconnues, même bienveillantes, alors qu'ils connaissent tous l'insécurité affective. Avoir moins de nouvelles de leurs parents va aussi accroître leur inquiétude sur leur état. Beaucoup d'enfants placés ont conscience de la fragilité de leurs parents et s'en soucient, au delà du fait de ne pas avoir été bien traités. Et ces enfants, comme les autres, perçoivent très bien la lourdeur de l'angoisse des adultes, mais, manquant de sécurité affective, ils sont moins bien armés pour la gérer. Ces situations de stress qui se rajoutent à l'insécurité affective peuvent faire flamber les troubles du comportement, la violence, ou provoquer des replis sur soi, des troubles anxieux sévères et altérer la communication et le développement.
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Il ne faut pas non plus oublier deux caractéristiques démographiques particulières concernant la population de l'Aide Sociale à l'Enfance du côté des parents et du côté des jeunes sortis du dispositif, qui traduisent là encore leur grande vulnérabilité.
La Recherche Saint-Ex a mis en évidence la fragilité sanitaire majeure des parents puisque dans cette cohorte de 129 jeunes enfants placés suivis 29 ans, 5 fois plus d'enfants sont orphelins à l'adolescence (14%, chiffre identique à celui de l'Ined) qu'en population générale (3%) et 13 fois plus à l'entrée dans la majorité (39%). La pandémie risque d'accentuer encore les risques de décès prématurés de cette population vulnérable.
De même, plusieurs études décrivent qu'environ un tiers des jeunes sans domicile fixe sont passés par le dispositif de la Protection de l'Enfance : ils seront encore plus exposés à une très grande précarité sanitaire.
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Les Associations d'établissements, les professionnels de la Protection de l'Enfance, les sociétés savantes pédiatriques, ont déjà relayé ces inquiétudes auprès du Secrétariat d’État à la Protection de l'Enfance comme on peut le lire dans la revue de presse supra.